Information Enrichment through Natural Language Processing

Research

슦由 뿰援ъ떎쓽 BioNLP 뿰援ы뿉꽌뒗 옄뿰뼵뼱 옄뿰뼵뼱瑜 넻븳 궗怨 諛⑹떇쓽 씠빐뿉 湲곕컲쓣 몦 옄뿰뼵뼱泥섎━ 湲곗닠 諛 異붾줎 湲곕쾿쓣 솢슜븯뿬 깮臾쇳븰 吏떇 諛쒓껄쓣 룄쓣 二쇰뒗 뿬윭 媛吏 湲곗닠 諛 룄援щ 媛쒕컻븯怨 엳뒿땲떎. 깮臾쇳븰 遺꾩빞뿉꽌뒗 꽭遺 遺꾩빞쓽 깉濡쒖슫 吏떇씠 떎瑜 꽭遺 遺꾩빞쓽 겙 吏꾨낫쓽 諛묎굅由꾩씠 맆 닔 엳쓣 젙룄濡 꽭遺 遺꾩빞뱾 媛꾩뿉 諛젒븳 愿怨꾧 엳뒿땲떎. 삁瑜 뱾硫, 1986뀈뿉 Don Swanson 뼱瑜 깮臾쇳븰뿉꽌쓽 諛쒓껄怨 쓽븰뿉꽌쓽 諛쒓껄쓣 寃고빀븯뿬 깮꽑 湲곕쫫씠 젅씠끂蹂 솚옄뿉寃 룄쓣 以떎뒗 궗떎쓣 諛쒓껄븳 궗濡媛 쑀紐낇빀땲떎. 洹몃윭굹 깮臾쇳븰옄 媛쒓컻씤씠 깮臾쇳븰 쟾泥댁쓽 諛⑸븳 吏떇쓣 씡엳嫄곕굹 鍮좊Ⅸ 냽룄濡 利앷븯뒗 吏떇뱾쓣 뵲씪媛湲곗뿉뒗 궗떎긽 遺덇뒫빀땲떎. 떎뻾엳룄 깮臾쇳븰 吏떇, 듅엳 깉濡 諛쒓껄릺뒗 깮臾쇳븰 吏떇쓽 遺遺꾩 끉臾몄쑝濡 異쒗뙋릺怨 엳쑝硫 씠뱾쓽 珥덈줉 젙룄뒗 씤꽣꽬뿉꽌 돺寃 뼸쓣 닔 엳湲 븣臾몄뿉 슦由 뿰援ъ떎쓽 쟾臾 湲곗닠씤 옄뿰뼵뼱泥섎━ 湲곗닠쓣 솢슜븯뿬 끉臾몃뱾뿉 궛옱맂 씠뱾 吏떇쓣 닔吏묓븷 닔 엳쑝硫, 옄뿰뼵뼱 궗怨 諛⑹떇쓽 씠빐瑜 넗濡 씠뱾 젙蹂 媛꾩쓽 愿怨꾨 뙆븙븯뿬 깉濡쒖슫 媛꽕쓣 꽭슱 닔 엳쓣 寃껋엯땲떎. 씠寃껋씠 BioNLP 뿰援ы쓽 紐⑺몴엯땲떎. 援ъ껜쟻쑝濡 留먰븯硫, 슦由 BioNLP 뿰援ы (1) 씠뱾 옄뿰뼵뼱臾몄옣쑝濡 몴쁽맂 젙蹂대뱾쓣 끉臾몄뿉꽌 李얠븘궡怨 媛怨듯븯湲 슜씠븳 援ъ“濡 蹂솚븯뿬 뜲씠꽣踰좎씠뒪굹 삩넧濡쒖쓽 삎깭濡 맂 由ъ냼뒪濡 異뺤쟻쓣 븯뒗 뀓뒪듃留덉씠떇 湲곗닠怨 (2) 씠젃寃 異뺤쟻맂 由ъ냼뒪쓽 吏덉쓣 넂씠뒗 뭹吏 愿由 湲곗닠怨 (3) 씠뱾 異뺤쟻맂 젙蹂대줈遺꽣 깉濡쒖슫 젙蹂대 異붾줎븯뒗 異붾줎 湲곗닠쓣 뿰援ы븯怨 엳뒿땲떎.

쁽옱뒗 (a) 깮臾쇳븰 臾명뿄뿉꽌 떎뿕뿉 愿젴븳 젙蹂대 異붿텧븯뒗 뀓뒪듃留덉씠떇 湲곗닠怨 (b) 삩넧濡쒖 궡뿉 몴쁽맂 젙蹂대뱾 媛꾩쓽 紐⑥닚꽦쓣 李얠븘궡뒗 뭹吏 愿由 湲곗닠怨 (c) 씠뱾 삩넧濡쒖 궡뿉 몴쁽맂 젙蹂대 솢슜븯뿬 깉濡 벑옣븷 깮臾쇳븰 媛쒕뀗뱾쓽 썑蹂대 李얠븘궡嫄곕굹 (d) 湲곗〈뿉 븣젮吏 떒諛깆쭏 媛꾩쓽 愿怨꾨뱾쓣 솢슜븯뿬 깉濡쒖슫 떒諛깆쭏 媛꾩쓽 愿怨꾩뿉 븳 媛꽕쓣 留뚮뱶뒗 異붾줎 湲곗닠뿉 以묒젏쓣 몢怨 뿰援ы븯怨 엳뒿땲떎. 以묒옣湲 紐⑺몴뒗 씠윭븳 꽭 醫낅쪟쓽 湲곗닠뱾쓣 솢슜븯뿬 뼵뼱 옣븷굹 媛먯꽦 옣븷 벑 뇤 궡 떊寃 쟾떖 諛 議곗쭅쓽 씠긽쑝濡 諛쒖깮븯뒗 옣븷뿉 愿븳 뿰援ъ뿉 듅솕맂 룄援щ 媛쒕컻븯뒗 寃껋엯땲떎.

1. Text-Mining Techniques

蹂 뿰援ъ떎뿉꽌 湲곗〈뿉 媛쒕컻븳 IE 룄援щ줈뒗 깮臾쇳븰 긽샇옉슜 異붿텧쓣 쐞븳 룄援ъ씤 BioIE, 떒諛깆쭏뿉 븳 議 젙蹂대 異붿텧븯뒗 BioContrasts, 떒諛깆쭏 뙆愿댁뿉 愿빐 以묒슂븳 옉슜쓣 븯뒗 Ubiquitin뿉 듅솕맂 젙蹂대 異붿텧븯뒗 E3Miner媛 엳뒿땲떎. 삉븳 떒諛깆쭏 긽샇옉슜(Protein-Protein Interaction, PPI) 젙蹂대 빐꽍븯뒗 뜲 엳뼱꽌 以묒슂븳 젙蹂댁씤 솚寃 젙蹂(biological context)瑜 異붿텧븯湲 쐞빐꽌, PPI 寃異 떎뿕 愿젴 젙蹂대 異붿텧븯湲 쐞븳 뿰援щ 吏꾪뻾븯뒿땲떎. 理쒓렐뿉뒗 쑀쟾옄 븫 媛꾩쓽 愿怨꾨 옄룞쑝濡 뙆븙븯뒗 OncoSearch룄 媛쒕컻븯뒿땲떎. 쁽옱뒗 슦슱利앷낵 쑀쟾옄 궗씠쓽 긽愿愿怨, 뜑 굹븘媛 씤怨쇨怨꾩 議곌굔愿怨꾩 媛숈 떖솕맂 愿怨꾨 李얘퀬옄 끂젰븯怨 엳뒿땲떎. 씠瑜 쐞빐 癒쇱 깮臾쇳븰 臾명뿄뿉꽌 옄룞쑝濡 슦슱利 愿젴 쑀쟾옄瑜 李얜뒗 옉뾽쓣 吏꾪뻾븯怨 씠뱾 궗씠쓽 씤怨쇨怨꾩 議곌굔愿怨꾨 諛앺엳怨 엳뒗 以묒엯땲떎. 異뷀썑뿉뒗 씠瑜 씠슜빐 슦슱利앹뿉 븳 쑀쟾옄 pathway瑜 援ъ텞븯뒗 뿰援щ 吏꾪뻾븷 삁젙엯땲떎.

2. Resource Management Techniques

쑀쟾옄쓽 깮臾쇳븰쟻 뿭븷쓣 湲곗닠븯뒗뜲 븘슂븳 슜뼱뱾쓣 젣怨듯븯怨 엳뒗 Gene Ontology (GO)뒗 깮臾쇳븰쓽 鍮좊Ⅸ 蹂솕 떎뼇븳 젙蹂대 湲곗닠븯湲 쐞븯뿬 而ㅼ졇媛뒗 GO 옄泥댁쓽 洹쒕え 븣臾몄뿉 愿由ъ뿉 뼱젮쓣 寃り퀬 엳뒿땲떎. 蹂 뿰援ъ떎뿉꽌뒗 GO쓽 愿由 臾몄젣瑜 떎猷④린 쐞븯뿬 깮臾쇳븰쓽 蹂솕瑜 GO뿉 諛섏쁺븯뒗 湲곗닠怨 GO 궡쓽 옒紐삳맂 遺遺꾩쓣 李얠븘궡뒗 湲곗닠쓣 媛쒕컻븯怨 엳뒿땲떎. 깮臾쇳븰쓽 蹂솕瑜 諛섏쁺븯湲 쐞븳 뿰援щ줈뒗 깮臾쇳븰 臾명뿄뿉꽌 떆媛꾩뿉 뵲瑜 GO 슜뼱뱾쓽 궗슜 鍮덈룄쓽 蹂솕瑜 떆媛곹솕븯뒗 湲곗닠(BioTermViz)怨 GO쓽 몢 踰꾩쟾 궗씠뿉 씪뼱궃 蹂솕쓽 뙆븙븷 닔 엳룄濡 몢 踰꾩쟾 媛꾩쓽 李⑥씠젏쓣 떆媛곹솕븯뒗 湲곗닠쓣 媛쒕컻븯뒿땲떎. 옒紐삳맂 遺遺꾩쓣 李얠븘궡湲 쐞븳 뿰援щ줈뒗 GO쓽 슜뼱 옄泥 삉뒗 슜뼱쓽 젙쓽臾몄뿉 궡룷맂 젙蹂대 옄뿰뼵뼱泥섎━ 湲곗닠濡 떇蹂꾪븯怨 씠 젙蹂대 諛뷀깢쑝濡 꽌濡 紐⑥닚맂 遺遺꾩쓣 李얠븘궡뒗 뿰援щ 닔뻾븯怨 엳뒿땲떎.

3. Inference Techniques

蹂 뿰援ъ떎뿉꽌 媛쒕컻븳 옄룞 異붾줎 룄援щ줈뒗 쑀쟾옄쓽 깮臾쇳븰쟻 뿭븷쓣 湲곗닠븯뒗뜲 븘슂븳 슜뼱뱾쓣 젣怨듯븯怨 엳뒗 Gene Ontology (GO)뿉 깉濡寃 異붽맆 슜뼱뱾쓽 썑蹂대뱾쓣 李얠븘궡뒗 AutoGO媛 엳뒿땲떎. 씠 뿰援ъ뿉꽌뒗 GO쓽 슜뼱 슜뼱뱾 媛꾩쓽 愿怨꾩뿉꽌 룞씪븳 뙣꽩뱾쓣 벑옣븳떎뒗 寃껋쓣 諛쒓껄쓣 븯怨, 諛쒓껄븳 紐 媛吏 뙣꽩뱾쓣 솢슜븯뿬 깉濡쒖슫 슜뼱뱾怨 씠 슜뼱뱾쓽 GO 궡쓽 슜뼱뱾 媛꾩쓽 愿怨꾨 쑀룄븯뒗 寃껋뿉 꽦怨듯븯뒿땲떎. 쁽옱뒗 옄뿰뼵뼱쓽 씠빐瑜 諛뷀깢쑝濡 뙣꽩뱾쓣 옄룞쑝濡 李얠븘궡뒗 湲곗닠뱾쓣 媛쒕컻븯怨 엳뒿땲떎. 씠 湲곗닠씠 媛쒕컻릺硫 떎뼇븳 깉濡寃 벑옣븷 깮臾쇳븰 愿젴 슜뼱뱾쓽 썑蹂대뱾쓣 李얠븘궪 닔 엳쓣 寃껋쑝濡 湲곕맗땲떎.蹂 뿰援ъ떎뿉꽌 媛쒕컻븳 삉 떎瑜 룄援щ줈뒗 BioDetective媛 엳뒿땲떎. BioDetective뒗 IE룄援ъ뿉 쓽빐 異붿텧맂 젙蹂대뱾쓣 엯젰쑝濡 궗슜븯뿬꽌 븣젮吏 떒諛깆쭏媛꾩쓽 깉濡쒖슫 愿怨꾧 엳뒗吏瑜 異붿젙빐 궡뒗 룄援 엯땲떎. Biological Context뿉 愿븳 젙蹂대 떎뿕 愿젴 젙蹂대 넻빐 異붿텧븯寃 릺硫 醫 뜑 젙솗룄 엳뒗 옄룞 異붾줎 떆뒪뀥 媛쒕컻씠 媛뒫빐 吏 寃껋쑝濡 湲곕븯怨 엳뒿땲떎.